राष्ट्रीय संग्रहालय में विभिन्न भाषाओं और लिपियों में लगभग 14,000 पांडुलिपियों का संग्रह है, जिसमें बड़ी संख्या में विषय शामिल हैं जो विभिन्न स्कूलों और प्रांतों का प्रतिनिधित्व करते हैं। इसमें खंडित या पूर्ण पांडुलिपियां शामिल हैं, जिनमें से लगभग 1000 सचित्र हैं। गैर-सचित्र पांडुलिपियां सुलेख हैं, जिनमें अलंकृत पत्र लगभग चित्रों में परिवर्तित हो रहे हैं। कई चित्र और ग्रंथ असली सोने की पन्नी का उपयोग करके प्रस्तुत किए गए हैं। ये पांडुलिपियां कला और अन्य संबंधित विषयों में महत्वपूर्ण अध्ययन का स्रोत भी हैं। लगभग तेरह-चौदह सौ वर्षों की अवधि को कवर करते हुए, मोटे तौर पर 7वीं शताब्दी से 20वीं शताब्दी सीई तक, राष्ट्रीय संग्रहालय पांडुलिपियों को चर्मपत्र, सन्टी छाल, ताड़ के पत्ते, कागज, कपड़ा, लकड़ी और धातुओं जैसे असंख्य सामग्रियों पर निष्पादित किया जाता है। शास्त्रीय संस्कृत या पवित्र बोलियों जैसे पाली, प्राकृत और सीमा पार की भाषाओं जैसे फ़ारसी, अरबी, चीनी, बर्मी या तिब्बती के अलावा; संग्रह में हिंदी पांडुलिपियां और इसके कई द्वंद्वात्मक रूप हैं जैसे राजस्थानी, मैथिली, अवधी, ब्रज, बुंदेली आदि । संग्रह में कई पांडुलिपियां न केवल दुर्लभ हैं बल्कि अकसर शाही मुहरें और विभिन्न सम्राटों के हस्ताक्षर उनकी मौलिकता को प्रमाणित करते हैं।